L’emissario del Trasimeno fatto realizzare da Braccio Fortebracci da Montone all’inizio degli anni ’20 del secolo XV doveva essere sottodimensionato o, se si vuole, non realizzato «a regola d’arte», come suol dirsi in certi casi. Sta di fatto che la storia dello stesso dal Quattrocento fino al secolo XIX è scandita da tutta una serie di otturazioni e crolli della galleria che permetteva la fuoriuscita delle acque del lago nel canale che solcava la pianura di Magione. Memorabile oltre all’otturazione del 1528, è quella del 1602 quando sembra che le acque del lago abbiano inondato l’intera area rivierasca. Nonostante gli interventi, in certi casi anche di notevole entità come quello ultimato nel 1603 e ricordato nella lapide apposta all’uscita della galleria, con i lavori diretti addirittura dall’allora chierico Maffeo Barberini poi, nel 1623, asceso al soglio pontificio con il nome di Urbano VIII, la galleria continuava a costituire un grave problema. All’inizio dell’Ottocento si rese così necessario un nuovo consistente intervento di restauro; ma l’efficacia dei lavori, ultimati intorno agli anni venti di quel secolo, non fu di lunga durata e, già nel 1875, il livello delle acque del lago tornava a destare grosse preoccupazioni. Ma ormai si era alla vigilia della fondazione del «Consorzio di bonifica del lago Trasimeno», costituitosi in maniera formale il 9 novembre 1877. A partire da questa data la storia degli interventi per la regolazione idraulica del lago si intreccia, in maniera indissolubile, con quella del nuovo ente che, va sottolineato, nasce in contrapposizione a quanti, già all’indomani dell’Unità d’Italia, avevano dato vita ad un movimento che chiedeva a gran voce il prosciugamento del lago al fine di risolvere in maniera definitiva i problemi creati dal suo innalzamento e, allo stesso tempo, avvantaggiarsi dei risultati di simile azione, estendendo le proprietà terriere detenute sulla linea di battigia appropriandosi delle terre liberate dall’acqua. Il Consorzio dunque aveva quale obiettivo la costruzione di un nuovo esautore, poiché il vecchio non riusciva più a svolgere la propria funzione. In tal modo si sarebbe messo definitivamente a tacere quello che nella zona si presentava come il partito di coloro che volevano il prosciugamento del lago.
L’azione dell’ente non doveva certo essere agevole, la nuova otturazione della galleria, avutasi nel 1875, e il conseguente tornare a crescere del livello lacustre, dovettero rafforzare ulteriormente il partito del prosciugamento, anche perché nella seconda metà degli anni ’70, l’acqua aveva ricoperto le terre rivierasche al punto che la ferrovia, da Torricella fino a Passignano in alcuni punti era ricoperta dall’acqua. Dopo una serie di vicissitudini di natura burocratica che videro il nuovo ente ad un passo dal definitivo scioglimento tra il 1878 e il 1881, a partire dalla prima metà degli anni ‘80, l’azione del Consorzio si intensificò fino a fare del lago, o meglio della sua bonifica, un caso a livello nazionale. Nel decennio successivo, pur tra progetti respinti e varie azioni di natura politica e tecnica, si giunse finalmente ad ottenere, nel marzo 1894, l’emanazione del «Regio Decreto col quale al Consorzio del Trasimeno venivano concessi i lavori di bonifica». Il 9 marzo 1896, iniziarono i lavori di escavazione della galleria e del canale di uscita verso valle al fine di permettere il deflusso delle acque. Il nuovo cunicolo era lungo 896,38 metri e la sua massima profondità in rapporto alla campagna, era 34 metri. Nella pianura di Magione si realizzò un ulteriore canale , con una chiusa in muratura che avrebbe consentito di deviare l’acqua nel vecchio alveo per alimentare i mulini che già da secoli vi si trovavano (i mulini dell’emissario nella zona di Casenuove). Il canale emissario iniziava subito a valle della chiusa dei mulini ed era dotato di cinque salti che gli consentivano di mantenere la pendenza necessaria per il deflusso dell’acqua che si sarebbe gettata nel fosso Anguillara il quale, a sua volta, si getta nel torrente Caina. A distanza di circa due anni e mezzo dall’inizio dei lavori, il 2 ottobre 1898, il nuovo emissario fu inaugurato.